手性色譜柱的正確使用和維護十分重要，稍有不慎就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中，需要注意下列問題，以維護手性色譜柱。

　　1、將色譜柱接到色譜儀之前，必須先用合適的溶劑沖洗流路(包括流通閥和定量環(huán))。如之前是反相系統(tǒng)，先用水把系統(tǒng)中可能含有的鹽沖洗干凈，再用異丙醇以2m/min沖洗1小時左右，再接色譜柱。(四根管路同時沖洗)

　　2、有些溶劑(比如丙酮、氯仿、DMF、二甲基亞例、乙酸乙酯、二氯甲烷、THF)會破壞手性固定相，應禁用。

　　3、一般說來手性色譜柱不能反沖，只有生產(chǎn)者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質(zhì)。否則反沖會迅速降低柱效。

　　4、選擇使用適宜的流動相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質(zhì)被溶解。

　　5、避免將基質(zhì)復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內(nèi)，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和手性色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經(jīng)常更換。

　　6、經(jīng)常用強溶劑沖洗手性色譜柱，清除保留在柱內(nèi)的雜質(zhì)。在進行清洗時，對流路系統(tǒng)中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規(guī)分析需要50~75ml。